Diketahui bahwa sebelum ditetapkan UU RI Nomor 3 Tahun 2006 tentang Perubahan atas UU RI Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama, sengketa ekonomi syariah diselesaikan melalui arbitrase syariah yang penetapan eksekusinya berada pada Pengadilan Negeri. Dengan kata lain bahwa kewenangan mengadili sengketa ekonomi syariah adalah hal baru bagi Pengadilan Agama yang tidak tertutup kemungkinan timbulnya rasa grogi atau kurang percaya diri menangani kasus tersebut. Karena itu, salah satu langkah dalam menjawab tantangan sekaligus peluang tersebut adalah membuka prodi Hukum Ekonomi Syariah tersebut. Oleh karena itu Fakultas Syari’ah ISID (Institut Studi Islam) Gontor  membuka peluang  pada masyarakat untuk menimba ilmu agar dapat menjawab tantangan permasalahan dibidang ekonomi Islam yang semakin kompleks dengan cara membentuk prodi baru yaitu program studi Hukum Ekonomi Syari’ah. 

Pada tahun 1998 Program Studi Hukum Ekonomi Syariah menjadi prodi kedua di fakultas syariah ISID (Institut Studi Islam Darussalam) yang berdiri setelah prodi Perbandingan Madzhab. Awal mula berdirinya bernama Prodi MLKI (Manajemen Lembaga Keuangan Islam) yang kemudian berubah namanya menjadi Muamalat pada tahun 2008, dan kemudian berganti menjadi Hukum Ekonomi Syariah Seiring bergantinya Institut Studi Islam Darussalam (ISID) menjadi Universitas Darussalam Gontor pada tahun 2014.

Pembentukan Program Studi Hukum Ekonomi Syari’ah diharapkan outputnya memiliki sumber daya manusia yang handal dan profesional dengan daya saing yang tinggi sesuai dengan kebutuhan praktis masyarakat dan sekaligus sebagai jawaban atas langkanya tenaga-tenaga professional dalam bidang Hukum Ekonomi Syari’ah.